Claude identifie un système enzymatique qui pourrait rivaliser avec CRISPR - ZDNET

Anthropic a annoncé qu’environ 950 agents Claude ont identifié un candidat système enzymatique baptisé ART, dont la structure rappelle celle de CRISPR, ouvrant la voie à un possible nouvel outil d’édition génétique.

Anthropic a utilisé son modèle d’IA Claude pour identifier un candidat système enzymatique dont la structure rappelle celle de CRISPR, l’outil connu sous le nom de « ciseaux génétiques ». Sa fonction précise et son potentiel d’application en biotechnologie restent à confirmer, mais Anthropic voit dans cette découverte la possibilité qu’émerge, à terme, un nouvel outil d’édition génétique.

Anthropic a présenté le système ART (Array-linked Reverse Transcriptase), premier résultat de recherche produit par son équipe interne de sciences du vivant et son laboratoire.

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Une structure proche de CRISPR

Le système ART se compose d’un gène codant une transcriptase inverse (RT), une enzyme que l’on trouve principalement chez les bactériophages, entouré d’une longue séquence répétée d’ADN. Cette séquence répétée présente des caractéristiques proches de celles des séquences répétées du système CRISPR.

Dario Amodei, directeur général d’Anthropic, a expliqué que la structure en réseau d’ART présente des similitudes avec CRISPR et d’autres systèmes capables de couper, copier ou insérer de l’ADN.

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950 agents Claude mobilisés pendant 21 heures

Le système ART a été découvert par les chercheurs d’Anthropic alors qu’ils utilisaient Claude pour rechercher de nouveaux cas de transcriptase inverse (RT) dans une vaste base de données de séquences d’ADN. La transcriptase inverse est une enzyme qui copie l’ARN en ADN. Ces dernières années, la découverte de nombreux types de transcriptases inverses au sein du système immunitaire bactérien a suscité un vif intérêt dans le monde académique.

La recherche a mobilisé environ 950 agents Claude, qui ont exploré les données pendant 21 heures en utilisant 210 millions de tokens. Les agents d’IA ont d’abord recensé plus de 200 000 transcriptases inverses, avant d’en extraire 3 500 systèmes candidats inédits, puis de resserrer la sélection aux 20 plus prometteurs. Ils ont ensuite rédigé un rapport destiné à être examiné par des chercheurs humains. Dario Amodei a précisé que ce travail, qui aurait pu prendre plusieurs semaines, voire plusieurs mois, à un scientifique chevronné, a été accompli par Claude en une seule journée.

Une anomalie repérée puis recoupée avec la littérature existante

Au cours de l’exploration, un agent a analysé l’ADN entourant un gène de transcriptase inverse inhabituel et a repéré une séquence répétée à intervalles réguliers. L’agent a mesuré le nombre et l’espacement de ces répétitions, puis comparé la structure obtenue à celle de systèmes déjà connus. Après une recherche dans la littérature scientifique existante, il a soumis un rapport concluant qu’il s’agissait potentiellement d’un nouveau système biologique.

Selon Anthropic, cette combinaison de caractéristiques n’avait jusqu’ici été observée que dans un nombre restreint de systèmes, connus pour être programmables et associés à des fonctions de coupure, de copie et d’insertion d’ADN. La transcriptase inverse à l’origine du système ART avait toutefois déjà été identifiée dans des travaux antérieurs : ce que Claude a mis au jour, selon Anthropic, ce sont les séquences répétées et les protéines associées à cette enzyme, jusque-là non détectées.

Des recherches supplémentaires nécessaires

Anthropic indique mener actuellement des expériences pour déterminer la fonction précise d’ART. Des recherches supplémentaires substantielles seront nécessaires pour établir si ce système peut, à l’image de CRISPR, être développé comme un véritable outil d’édition génétique. Dario Amodei a déclaré : « Nous pensons qu’il pourrait s’agir d’un nouveau mécanisme d’édition génétique », tout en précisant que « sa fonction exacte, son potentiel d’application en biotechnologie et son degré d’importance ne sont pas encore clairs ».

Des experts extérieurs ont également manifesté leur intérêt. Feng Zhang, professeur au MIT et au Broad Institute, l’un des pionniers de la technologie d’édition du génome CRISPR, a examiné la prépublication et estimé qu’il s’agissait d’un « exemple intéressant de la manière dont des agents d’IA peuvent contribuer à la découverte biologique », ajoutant que « la découverte de séquences répétées d’ARN associées à une transcriptase inverse est véritablement intéressante et mérite des recherches complémentaires ».

Anthropic prévoit d’étoffer son équipe de sciences du vivant tout en renforçant ses collaborations avec des scientifiques extérieurs. L’entreprise envisage d’étendre la méthode d’exploration par IA employée dans cette recherche à d’autres domaines des sciences du vivant, notamment la génomique.